本課程每學年共計以十二個與系統生物學相關的專題，分上半學年與下半學年進行。每一專題安排學程師資導讀相關文獻，或邀請國內外專家學者演講，再藉由學生口頭報告討論其研究現狀及趨勢，以期讓學生能更靈活的吸收系統生物學各組成單元的技術與新知，強化學生跨領域的整合性與必要性，並培養學生閱讀原始文獻的習慣與解讀數據的能力。